Μέχρι το τέλος Οκτωβρίου του 2016 θα «εξυπηρετεί» την ακτοπλοϊκή σύνδεση νησιών του Βορείου Αιγαίου το πλοίο της ΝΕΛ «Θεόφιλος», ενώ η εταιρεία θα πρέπει έως τις 31/12/2015 να αντικαταστήσει με πολύ νεότερα τα πλοία «Ταξιάρχης» και «Aqua Maria» στις γραμμές Λαύριο-Αϊ Στράτη-Λήμνο-Καβάλα και Λαύριο-Ψαρά-Μεστά.

Οι δύο συμβάσεις των συγκεκριμένων γραμμών λήγουν το 2021.

Αυτή είναι η γνωμοδοτική απόφαση του Συμβουλίου Ακτοπλοϊκών Συγκοινωνιών στο οποίο τοπικοί φορείς της Σάμου και της Λήμνου εξέφρασαν την έντονη δυσαρέσκειά τους για το γεγονός ότι η ΝΕΛ προχωρά σε πολλές ακυρώσεις δρομολογίων λόγω μηχανικών βλαβών ή προβλήματος με την τροφοδοσία καυσίμων και μίλησαν για υποβάθμιση της ακτοπλοϊκής συγκοινωνίας στα νησιά του Ανατολικού και Βόρειου Αιγαίου.

Παράλληλα ζήτησαν από το Συμβούλιο Ακτοπλοϊκών Συγκοινωνιών να μπουν καινούργια και νεότερα πλοία στις συγκεκριμένες γραμμές και να μην δοθεί άλλη παράταση στη συγκεκριμένη εταιρεία.

Από την πλευρά του ο Διευθύνων Σύμβουλος της ΝΕΛ Γιάννης Αβραντίνης ισχυρίστηκε ότι «οι κάτοικοι της Λήμνου και της Σάμου έχουν δίκιο, αλλά τα προβλήματα έχουν δημιουργηθεί αποκλειστικά με ευθύνη της Τράπεζας Πειραιώς που αρνείται τις υποχρεώσεις της προς τη ΝΕΛ».